黨政綜合辦公室

負責研究院日常運轉、對外聯絡，承擔外來文、公文、機要、合同管理、用印、接待、信訪、安全、大事記、辦公用品、用車、法律事務、統計管理；負責黨政聯席會、院務會會務；負責值班管理、考勤管理、突發事件綜合協調；負責人事管理、人才招聘、培訓；負責工會工作；負責配套公寓用房管理；負責信息化系統建設維護網絡、通訊管理。負責聯系法律顧問。

科研管理辦公室

負責科研項目管理、質量體系、學術交流；負責實驗室和海試條件建設管理；負責保密和保密室建設管理；負責院企⏭➰、成果轉化、知識産權管理；負責國際交流⏭➰；負責建立和完善科研管理及成果轉化相關規章制度。

人才培養辦公室

負責海南專項研究生招生、教學、培養等工作；負責導師隊伍建設管理；負責學生的思想教育、日常管理和心理健康；負責學生入黨和黨團組織管理；負責學生創新創業及實踐實訓活動；負責學生就業；負責學生獎助學金；負責海南省本科招生宣傳；負責建立和完善教育教學、學生工作等相關規章制度；負責網站和公衆号運營；負責綜合性材料起草和審核。負責聯系教育教學督導組。

财務資産辦公室

負責預算制定、監督執行管理；負責财務收支管理；負責向上級主管單位或管理部門報賬管理；負責内部财務管理制度的制定；牽頭建立和完善内控制度；負責國有資産管理，監督财務工作和國有資産保值增值工作；負責審計工作。負責聯系财務咨詢服務公司。